In einer verschollenen Urkunde von 1335 wird Frauenkirchen schon als viel besuchter Wallfahrtsort beschrieben. Diese Kirche wurde im Türkenjahr 1529 zerstört. Das Gnadenbild blieb wie durch ein Wunder unversehrt. Trotzdem blieb die Kirche mehr als 100 Jahre eine Ruine. Erst der später in den Fürstenstand erhobene Graf Paul Esterházy ließ die Kirche 1668/69 wieder neu aufbauen und holte Franziskanerpatres zur seelsorgerischen Betreuung der Menschen.
1683 wurden Kirche und Kloster von den Türken neuerlich zerstört. Als Paul Esterházy 1687 in den Fürstenstand erhoben wurde, gelobte er, in Frauenkirchen eine Kirche zu Ehren der Gottesmutter zu errichten.
1695 wurde unter Baumeister Francesco Martinelli mit dem Neubau der Kirche begonnen. 1702 konnte die neue mächtige Barockkirche mit Doppelturmfassade geweiht werden. Besonders sehenswert ist der von Fürst Paul gestiftete prunkvolle Hochaltar.
Im Zweiten Weltkrieg wurde das Gnadenbild in Wien verwahrt.
Im Jahre 1990 wurde das Gotteshaus zur ersten Basilika des Burgenlandes erhoben.
Seit dem Mittelalter bildet die barocke Basilika "Maria auf der Heide" mit dem angeschlossenen Franziskanerkloster das geistige und religiöse Zentrum des Seewinkels. Der auf einer Grünanlage vor der Basilika angesiedelte Kalvarienberg ist in seiner Form einzigartig.


